數字檔案館與傳統的實體檔案館既有區別，也有密切的聯系，兩者之間是一種互為補充、互相依存的關系。這一問題可以從以下兩個方面理解：
（一）數字檔案館不能取代傳統的實體檔案館。
網絡環境下社會對檔案信息傳播和需求的增加，使得傳統的實體檔案館難以用原來的管理方法和技術應對，這造成一些人斷言傳統的實體檔案館將被管理方法和技術更先進的數字檔案館所取代。
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其實，數字檔案館只是逐步取代傳統的實體檔案館的中心地位成為未來檔案館的主體，但這并不意味著能夠完全取代傳統的實體檔案館，原因有以下幾個方面：
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1、數字檔案館的建設需要大量的資金和人力、物力的投入，將傳統檔案館全部建設成為數字檔案館是不現實的。
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2、一些年代久遠、具有歷史價值或憑證價值的檔案原件，其所具有的空間感、時間感與真實感是無法通過計算機模擬的。在虛擬的空間建起來了電子模型遠不如原物更能展現歷史的真實面目，所以這類檔案仍要依賴傳統檔案館得到妥善保存。
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3、用戶的計算機操作能力、經濟能力、長期養成的閱讀習慣和閱讀心理，仍會使其去傳統檔案館翻閱檔案原件。
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4、傳統的實體檔案館不僅是檔案的保管查閱場所，還是學術交流、咨詢信息的社會交流場所，其所具有的人文和歷史精神是數字檔案館不可能具備的。傳統的實體檔案館作為一種社會文化設施將永遠存在。
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（二）數字檔案館和傳統的實體檔案館相互依存。
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在目前階段，數字檔案館與傳統的實體檔案館各自存在著優缺點，二者必須互相依存才能共同發展。
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第一，從檔案信息資源建設角度來講，傳統的實體檔案館館藏檔案原件是數字檔案館數字化檔案信息的重要來源。傳統的實體檔案館保存檔案經由數字化加工，進入數字檔案信息資源庫，成為數字檔案館數字化檔案信息中最基本的、重要的核心組成部分。可以說，離開了這一來源，數字檔案館將難以構建完整的、有權威的信息資源庫；同時，數字檔案館的系統建設也可以促使并指導傳統檔案館進一步科學地豐富館藏，有利于傳統的實體檔案館對那些散存的重要檔案以及其他專門專業檔案信息的收集。
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第二，從檔案信息真跡的保護角度來講，根據目前科學技術發展的水平來看，傳統的實體檔案館比數字檔案館更能保證檔案的安全性。檔案數字化以后可以完整地、不留痕跡地被復制和修改；計算機病毒、磁場、電磁脈沖等都對數字化的檔案具有破壞性。盡管問題可以采取較先進的技術得到有效的控制，但難以從根本上杜絕。在這一方面，傳統的實體檔案館是數字檔案館的有益補充。
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第三，從檔案信息的加工角度來講，數字檔案館的自動化處理雖節省了人力物力，但仍需要傳統的實體檔案館為其信息加工提供支持。傳統的實體檔案館館藏檔案信息經過數字化加工之后自動生成各種類型的信息目錄或較簡單的檔案參考資料。然而深層次的檔案編研成果及館藏檔案資料編制的圖片、音像等多媒體參考資料，還是需要依靠傳統檔案館來進行。
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第四，從檔案信息資源的開發利用角度來講，數字檔案館彌補了傳統檔案館的不足。傳統的實體檔案館由于缺乏強有力的開發利用手段，受時間和空間的局限而不能迅速、廣泛地為社會提供檔案信息服務，限制了檔案信息價值的發揮。而數字檔案館憑借網絡優勢，在極廣闊的范圍內發布數字檔案信息，不受時間、地域的限制，提供快捷、方便的服務，實現檔案信息資源共享。
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